How to setup SGE

现在在cluster上部署的Grid Engine是Open Grid Scheduler。

安装

安装方式

• 编译安装。获取源码包，当前最新版本2011.11p1。过程参考Compiling Open Grid Scheduler / Grid Engine from Source
• 使用预编译二进制安装包。在x86_64 linux且有X的情况下可使用 ge2011.11.tar.gz

master node

1. 设置环境变量SGE_ROOT为上一步安装好的目录
2. 运行安装脚本

   cd $SGE_ROOT

   ./install_qmaster

exec node

1. 设置环境变量SGE_ROOT
2. 将该节点加入到administrative hosts中

   [master]$ qconf -ah <hostname of exec node>

3. 运行安装脚本

   [exec]$ cd $SGE_ROOT

   ./install_execd

copy from other grid

1. scp -r wolf01:/opt/sge /opt/sge
2. cd /opt/sge
3. ./install_execd
4. cp redhat/common/settings.* /etc/profile.d/
5. source /etc/profile.d/settings.sh

配置

可以使用图形界面工具qmon

环境变量

运行时引用 $SGE_ROOT/$SGE_CELL/common/settings.sh

default shell for queue

qconf -mq <QUEUE_NAME> # 编辑配置，修改shell为/bin/bash

smp pe jobs

SunGridEngine#Configure_a_parallel_environment

qconf -ap smp

pe_name           smp
slots             999
user_lists        NONE
xuser_lists       NONE
start_proc_args   /bin/true
stop_proc_args    /bin/true
allocation_rule   $pe_slots        # this forces all slots to be on the same host!
control_slaves    FALSE
job_is_first_task TRUE
urgency_slots     min

qconf -mq <QUEUE_NAME> # 编辑配置，把smp加入pe_list中